Сие можно оспорить. Отсутствует ссылка на НПА, обязывающий вносить изменения в генплан. Логические умозаключения администрации не являются достаточными основаниями — это не суд (который имеет право проводить такие умозаключения на основании законов). А площадь имеет право корректироваться на величину не более минимального размера для данного разрешёного использования в вашем регионе или на 10 %, если такой размер не установлен — закон о ГКН.
В тексте закона идёт ссылка на генплан или другой документ, устанавливающий распределение участков, т. е., грубо говоря, участок № 1 — Иванов, участок № 2 — Петров и т. д., участок № 1 рядом с участом № 2, с других сторон — участки такие же. В общем, это должно быть что-то типа ситуацинного плана, схемы. Длина сторон и площадь участка не при чём.
Кроме того, основанием для отказа является установленный федеральным законом запрет на предоставление такого участка в собственность. Вряд ли в данном случае такой запрет существует.